Le 25 novembre 2015, à la suite d’une décision favorable du préfet de Gironde concernant des aménagements ferroviaires à réaliser entre Bordeaux et Saint-Médard d’Eyrans, des opposants au projet de la LGV Bordeaux-Toulouse réclamaient l’annulation de la DUP. Finalement en juin 2016, le gouvernement avait donné son aval au projet bien que la commission d’enquête publique sur le grand projet ferroviaire du sud-ouest (GPSO) avait émis un avis négatif.
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Cette décision impacte directement le démarrage du chantier de la ligne dont la mise en service est prévue pour 2024. De plus, ce tronçon est commun à la future LGV Bordeaux-Dax et pourrait donc également avoir des conséquences sur ce projet.